踊り念仏で知られる市聖（いちひじり）空也（くうや）が平安時代中期の天暦5年（951年）に造立した十一面観音を本尊とする道場に由来し、当初西光寺と称した。空也は疫病の蔓延（まんえん）する当時の京都で、この観音像を車に乗せて引きながら歩き、念仏を唱え、病人に茶をふるまって多くの人を救ったという。空也は応和3年（963年）に鴨川岸に僧600名を集めて大規模な大般若経供養会を行ったが、この時をもって西光寺の創建とする説もある。当時、鴨川の岸は遺体の捨て場であり、葬送の場であった。

空也の死後、977年に比叡山の僧・中信が中興して天台別院とし、六波羅蜜寺と改称した。それ以降天台宗に属したが、桃山時代に真言宗智積院の末寺となった。平安末にはこの付近に、六波羅殿と呼ばれた平清盛ら平家一門の屋敷が営まれた。またのちに鎌倉幕府によって六波羅探題が置かれたのもこの付近である。

名称は仏教の教義「六波羅蜜」という語に由来するが、この地を古来「六原」と称したことに由来するとも考えられている。 なお、六波羅密寺とする表記が古今多く見られるが、誤字である。

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本堂（十一面観音立像）および宝物館（空也上人など）は撮影禁止の為に写真がありませんのでご了承下さい。
十一面観音立像は12年に一回（辰年）しか公開されません、今年は辰年と言うことで見ることが出来ました、今度は12年後の2024年になります。