才能はあるのだけどチャンスに恵まれない、しがない人形使いのクレイグ・シュワルツは、ストリートで怪しい人形劇をしながら妻や妻が飼うたくさんのペットたちと、貧乏な暮らしをしている。
そんなクレイグがある日職探しをしていて訪れたレスター社は、それはそれは奇妙な事ばかりの会社だった。
社長もおかしい、スタッフもどこか変、けれど、一番不思議なのは、レスター社は、あるビルの7 1/2階にある。
7階と8階の間、7 1/2階。
そのフロアーは天井が低く、みな腰をかがめて仕事をしている。
結局その会社に就職したクレイグはある日偶然、キャビネットの後ろに小さな穴(入り口…portal)を見つける。
なんと、その穴は俳優ジョン・マルコヴィッチの頭の中に通じていた。

…という、かなり突飛なお話であるが、この穴を巡る登場人物達のそれぞれの反応がさまざまでおもしろい。

彼は、この不思議な穴のことを妻のロッテと、職場で前々から気になっている魅力的な女性マキシンに打ち明ける。
するとマキシンは、この穴を使って商売をしようとクレイグを誘うのだ。
「ジョン・マルコヴィッチ体験」は15分と時間が限られているが、その体験をした後、クレイグは「今までの自分と何かが違う」と感じる。
そして妻ロッテもまた同じ感想を述べるのだが、彼女はその体験のせいで、「本当の自分」…女性としての身体に違和感を持つ自分を、発見してしまう。
マキシンはマキシンで、実際にジョン・マルコヴィッチに会って誘惑し、ちょうどその時マルコヴィッチの頭の中に入って男性の身体の中で「本当の自分」を味わっていたロッテと心が通じ合ってしまい、彼女たちの間におかしな恋愛感情が芽生える。
クレイグは、相思相愛の女性達に嫉妬してこれまた、とんでもない行動をおこす。

しっちゃかめっちゃかなのだが、そのドタバタぶりが馬鹿馬鹿しくもあり、知的でもある。
細かいキャラクター設定…、ロッテの飼っているトラウマによる胃潰瘍を抱えたチンパンジーとか、面接で子どもっぽい「引っかけ問題」を出して嬉しそうにしている下ネタ大好き社長とか、いつも聞き間違いばかりで話が通じないのに全然自覚していない会社の女性スタッフとか…、がどこか社会の歪みの縮図のようで、皮肉を秘めていつつも、ただただ可笑しいのだ。
しかし、基本的な設定…他人の頭の中に入る入り口があるという設定は空恐ろしい。
こんなふうに自分の頭に簡単に人が出入りして来たら…、そしていつか自分が乗っ取られてしまったら。

　カメオ出演で、俳優や監督が大勢出演しているので、それも見どころだ。
監督自身も出演している…というか、彼はそもそも俳優でもあるようで、これが初監督映画。
映画以前には、ビヨーク、R.E.M、ソニックユースなど多くのミュージックビデオなどを手がけているようだ。
脚本のチャーリー・カウフマンも、これが初の映画脚本。
彼はこの台本を当初、フランシス・コッポラに送ったところ、コッポラ監督はこれをとても気に入って娘婿であるスパイク・ジョーンズ(すでに現在ソフィアとスパイクは離婚していますが)に見せた…といういきさつがあったという。
もしもコッポラが監督をしていたら全く違った雰囲気の作品になっていただろうと思うと、そちらも見てみたかったような気がする。

　DVD版には、スパイク・ジョーンズ監督のインタビュー(…という設定のお芝居?)が納められていて、監督の「インタビューに答えながら乗り物酔いをしてゲロを吐く」名演技が見られます。