三峰神社は景行天皇の命で日本武尊が東国征伐の折、当山に登られて山川の清く美しいのに感動してここにお宮を造営し、いざなぎのみこと、いざなみのみことの二神を祀られたのがはじまりと伝えられている。

三峰山は景行天皇が三つの山が高く美しく連なることから命名されたようである。
現在の本堂は淳和天皇の勅命で弘法大師が十一面観音象を刻んで建立し本地堂としたもの。

享保5年（1720）、日光法印が繁栄の基礎を造り、「お犬様」と呼ばれる御眷属信仰を広めた。
境内はその後多くの堂塔が建立されてる。